“世界脈動(dòng)”確實(shí)是一個(gè)來(lái)自宇宙深處的、極其古老的信號(hào)。但聯(lián)盟科學(xué)家最初的理解完全錯(cuò)誤。它并非無(wú)意識(shí)的自然現(xiàn)象或友好文明的信息，而是一種具有高度適應(yīng)性和同化能力的“宇宙級(jí)生命形態(tài)”的孢子或種子（theseed）。它本身沒(méi)有固定形態(tài)，其核心能力是“模仿”和“進(jìn)化”——通過(guò)接觸并解析任何遇到的復(fù)雜系統(tǒng)（無(wú)論是技術(shù)文明還是生物圈），學(xué)習(xí)其結(jié)構(gòu)，然后優(yōu)化、變異，最終將其轉(zhuǎn)化為更適應(yīng)某種“終極環(huán)境”的形態(tài)。這是一種超越善惡的、純粹的物質(zhì)和能量再格式化過(guò)程。
要塞的研究無(wú)意中為“種子”提供了一個(gè)極其豐富的“樣本庫(kù)”——聯(lián)盟的尖端科技、儲(chǔ)存的各種奇異生物樣本、乃至科學(xué)家們自身的智慧和精神活動(dòng)。種子以驚人的速度學(xué)習(xí)、進(jìn)化，開(kāi)始反向滲透要塞的一切系統(tǒng)。靜滯倉(cāng)儲(chǔ)區(qū)的樣本首先失控變異，網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)被感染，人員被精神侵蝕或肉體轉(zhuǎn)化。
k-01-theta意識(shí)到了災(zāi)難性的后果，他啟動(dòng)了要塞的緊急封鎖協(xié)議，并非抵御外敵，而是將整個(gè)要塞變成一個(gè)巨大的隔離囚籠，防止“種子”擴(kuò)散到宇宙中。他和他忠誠(chéng)的團(tuán)隊(duì)撤退到主實(shí)驗(yàn)室，試圖利用最初接收到的“脈動(dòng)”信號(hào)源（即那個(gè)乳白色晶體，他們稱之為“源初樣本”）開(kāi)發(fā)出一種“反制頻率”或“靜滯錨點(diǎn)”，希望能將“種子”重新封印或中和。
他們部分成功了?！办o滯錨點(diǎn)”裝置確實(shí)創(chuàng)造出了一個(gè)局部穩(wěn)定區(qū)，暫時(shí)保護(hù)了實(shí)驗(yàn)室核心，并在一定程度上抑制了“種子”在要塞內(nèi)的完全爆發(fā)，導(dǎo)致了后來(lái)的“大沉寂”——一種在激烈沖突后形成的、不穩(wěn)定的平衡狀態(tài)。但theta自己也在這個(gè)過(guò)程中受到了嚴(yán)重侵蝕，最終可能……變異或死亡。而“種子”則在漫長(zhǎng)的歲月中，繼續(xù)在要塞的陰影里生長(zhǎng)、變異，演化出了菌毯、各種變異生物、以及那種具有侵蝕性的紫色結(jié)晶生態(tài)。
‘錨點(diǎn)’的能量正在衰減。裝置的聲音變得更加微弱?！N子’的本體，已深度融入要塞結(jié)構(gòu)，其核心意識(shí)……可能位于反應(yīng)堆核心或主控腦陣列。它仍在學(xué)習(xí)，在等待……theta的最終指令：若無(wú)法凈化，則必須摧毀。引爆要塞的反應(yīng)堆，是唯一確?！N子’不擴(kuò)散的方法。
傳輸結(jié)束了。星種獲得了它需要知道的一切，甚至更多。任務(wù)性質(zhì)徹底改變：從調(diào)查取證，變?yōu)閳?zhí)行最終凈化協(xié)議——?dú)邕@個(gè)要塞，毀滅“種子”。
就在這時(shí)，整個(gè)實(shí)驗(yàn)室劇烈震動(dòng)起來(lái)！墻壁上的紫色結(jié)晶發(fā)出刺目的光芒，如同憤怒的血管搏動(dòng)。氣閘門外傳來(lái)了更猛烈的撞擊聲，同時(shí)，實(shí)驗(yàn)室內(nèi)部的一些儀器設(shè)備也開(kāi)始自行啟動(dòng)，屏幕上的亂碼凝聚成一只只扭曲的、充滿惡意的眼睛圖案，死死盯住星種！
“靜滯錨點(diǎn)”的乳白色光芒急劇閃爍，變得明滅不定。它發(fā)現(xiàn)我們了！快走！我會(huì)啟動(dòng)最后的重置脈沖，為你爭(zhēng)取時(shí)間！但這會(huì)徹底耗盡我的能量……之后，你將獨(dú)自面對(duì)它！
星種毫不猶豫，斷開(kāi)連接，迅速?gòu)木S護(hù)通道退出。它剛回到主實(shí)驗(yàn)室空間，就看到一股強(qiáng)大的乳白色能量脈沖以“靜滯錨點(diǎn)”為中心爆發(fā)開(kāi)來(lái)，如同一個(gè)無(wú)聲的爆炸！
脈沖所過(guò)之處，紫色的結(jié)晶光芒瞬間黯淡，墻壁上的脈動(dòng)幾乎停止，那些屏幕上的眼睛圖案也潰散成亂碼。整個(gè)實(shí)驗(yàn)室仿佛被按下了暫停鍵。就連氣閘門外的撞擊聲也戛然而止。
但這顯然是暫時(shí)的。星種知道，這是它唯一的機(jī)會(huì)。它必須前往反應(yīng)堆核心，設(shè)法引發(fā)過(guò)載爆炸。
它沖向氣閘門，手動(dòng)解鎖，將門推開(kāi)一道縫隙。門外，那個(gè)共生體仿佛被按了暫停鍵，僵直在原地，觸手軟軟地垂落，復(fù)眼的光芒也暗淡了。星種小心翼翼地繞過(guò)它，全速沿著來(lái)路返回。